Çikolata kistlerinin, yani endometriomanın, herhangi bir nedenle cerrahi olarak çıkarılması yumurtalık rezervini belirgin olarak azaltır. Bu nedenle özellikle henüz çocuk sahibi olmamış bir kadında çok gerekli bir nedeni olmadıkça (kanser şüphesi, dayanılamayacak hale gelen ağrı veya yumurta toplama işleminin imkansız hale getirecek düzeyde büyük çikolata kistleri gibi) cerrahi yapılması önerilmemektedir.